Geitenmelk is een goed alternatief voor mensen met koemelkallergie. Het melkvet heeft een fijnere structuur en is mede daardoor beter verteerbaar voor de mens. De hoeveelheden vet en eiwit zijn vrijwel gelijk aan die van koemelk. Geitenmelkproducten bevatten geen ß-caroteen en kleuren daardoor witter dan koemelk. Geitenmelk bevat melkvet met een kleinere structuur. De gemiddelde grootte van de vetbolletjes bedraagt 3,5 µm. Bij koemelk is dat 4,5 µm.

De drie vluchtige vetzuren caprioc-, caprillic- en capric-zuur geven geitenmelk haar specifieke smaak. Melkeiwit bestaat uit caseïne (wat na aanzuren en stremmen kaas wordt) en serumeiwitten. De caseïne van geitenmelk heeft een fijner profiel dat dichter bij moedermelk ligt . Geitenmelk bevat nauwelijks caseïne αS1 wat een ietwat bittere smaak geeft aan kwarkproducten van koemelk. Tevens is het aandeel ß-lactoglobuline in geitenmelk beduidend hoger en blijkt door de mens beter verteerbaar dan de ß-lactoglobuline uit koemelk.